ב-30 לאוגוסט 1940 חזרה סיגט להיות חלק מהריבונות ההונגרית. כל החוקים שנחקקו בהונגריה כנגר היהודים,  נאכפו ע"י הצבא ההונגרי באזור זה יותר משנאכפו בהונגריה עצמה, מצבם הכלכלי של יהודי העיר שנאסר עליהם לעבוד בעבודות שונות  הידרדר מאוד בשל כך. הוטלו מגבלות על השתלבותם של היהודים במוסדות להשכלה גבוהה ומוסדות החינוך היהודיים נסגרו. השהייה בעיר הותרה רק לבעלי אזרחות הונגרית,  מאות יהודים שלא יכלו להוכיח שהם בעלי אזרחות הונגרית הוכרזו בקיץ 1941 כחסרי נתינות ובעיר החל להתפתח המושג של "טמיר ונעלם" כינוי לבחור ישיבה שאין לו אזרחות כל שהיא והוא חייב להעלם מיד כאשר איש בעל חזות שלטונית מתקרב. שלטונות הונגריה ריכזו כ 1,000 תושבי העיר חסרי נתינות (רובם פליטים מפולין) תוך כדי הבטחות שווא על יישובם מחדש וגירשו אותם לאוקראינה הנתונה לכיבוש גרמני. כמעט כל המגורשים נרצחו ב-27 או ב-28 באוגוסט   בקמיניץ פודלסקא בידי יחידות גרמניות ועוזריהן האוקראינים, המגורשים אולצו לחפור לעצמם שוחות ארוכות וכשסיימו את חפירת קבריהם נעמדו על שפתם ונורו. רק אחד מהמגורשים מסיגט ניצל, הוא נפל לשוחה ושם עצמו כמת והצליח לחזור, היה זה שמש בית הכנסת  - משה ליברמן. הוא שב שבור ורצוץ וסיפר לכל דכפין את סיפרו  אך בני העיר סירבו להאמין לעדותו והתייחסו אליו כאל מי שנטרפה עליו דעתו.
ב-1941 ו-1942 גויסו רבים מהגברים היהודים בסיגט לשירות עבבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה. רובם הוצבו בחזית המזרחית באוקראינה, ורבים מהם נספו שם, בספרות השאלות ותשובות שנכתבו בתקופה זו עולות שאלות מרטיטות בדבר העגונות שנותרו, היו שנהגו להפקיד גט גירושין לנשותם כפי שנהגו היוצאים למלחמה בתקופת דוד המלך.
ב -1942 אסרו הרשויות ההונגריות  כ- 30 אנשים מנכבדי הקהילה היהודית, אחרי שהאשימו אותם בקומוניזם ובהצתת מחסן צבאי, הם עברו עינויים והשפלות ושוחררו כעבור כחודש.

 ב-1942 ו-1943 הגיעו לסיגט פליטים יהודים רבים שנמלטו מגטאות וממחנות בפולין. רבני העיר מהקהילה האורטודוקסית והספרדית (הרב טייטלבוים הקב האורטודוקסי והרב דנציג מהקהילה הספרדית שיתפו פעולה לסיוע והצלה לאותם פליטים תוך כדי סיכון נפשותם (הרב טיילטלבוים נאסר פעמיים בגין כך. למרות עונש המוות שנקבע למי שמסתיר יהודים פליטים, בישיבת סיגט ובחצר הרבי מקרעטשיניף הסתתרו מאות פליטים וקיבלו שם מזון ומקום לינה.
ב-19 במרץ 1944 כבש הצבא הגרמני את הונגריה. המינהל ההונגרי נשאר על כנו גם לאחר הכיבוש להשלטת הסדר בעיר. היהודים מכפרי הסביבה גורשו לסיגט בה  הוקמו שתי גטאות: "גטו העיר" ו"הגטו הקטן". לגטו העיר, שיועד ליהודים המקומיים, הוקצו ארבעה רחובות, הגטו הקטן הוקם באחת משכונות העוני בעיר ויועד ליהודי מחוז מרמרוש סה"כ רוכזו בעיר יותר מ-13,000 יהודים, כ-10,000 מהם תושבים מסיגט עצמה. הגרמנים ושותפיהם ההונגרים החלו בשדידת הרכוש היהודי והיהודים נותרו חסרי כל. 
ב- 20 לאפריל 1944 חוייבו כל יהודי העיר לעבור לגטאות שהוקמו, נאסר עליהם ללכת ברחובות אלא רק דרך החצרות, במהלך ריכוזם של יהודי העיר בגטאות נעצרו כ-140 אישים מנכבדי הקהילה ומשכיליה והוחזקו באחד מבתי הכנסת בלי מים ומזון, כנראה בשל חשש השלטונות שהם עלולים לארגן התקוממות כלשהי. הצפיפות בגטו העיר הייתה גדולה מאוד – 24-15 נפשות בחדר אחד, התנאים הסניטארים היו איומים והיה מחסור חריף במזון. מפקד הגטו היה ראש המשטרה המקומית, ד"ר ליוש טוט (Lajos Toth). בראש המועצה היהודית עמד ליפוט יוסוביץ (Lipot Joszovits), הנשיא האחרון של הקהילה הספרדית היהודית בעיר. בפיקוחה של המועצה היהודית פעלו ועדות למיניהן ובהן ועדת סעד, ועדת בריאות וּועדת עבודה. גם שירות סדר יהודי היה בגטו. תושבי הגטו יזמו פעילות תרבות ודת, הן לילדים והן למבוגרים, ובכלל זה תפילות, הרצאות ושיעורי תורה. קבוצות של יהודים נלקחו מן הגטו לעבודות מפרכות ולמשימות משפילות, והגברים אולצו לקצץ את זקניהם. ז'נדרמים הונגרים, בפיקודם של הקולונל טוט והקולונל שרוורי (Sarvari), עינו את יהודי הגטו כדי שיגלו היכן הסתירו את חפצי הערך. תושבי הגטאות של סיגט גורשו לאושוויץ בארבעה טרנספורטים, מ-16 עד 22 במאי 1944. תחילה גורשו תושבי הגטו הקטן ואחר כך תושבי גטו העיר, ובסך הכל 12,749 נפשות. כל המגורשים עברו לילה של עינויים כאשר הם מרוכזים בבית הכנסת הגדול שבעיר ולמחרת הוסעות בקרונות צפופים ומחניקים במשך שלושה ימים ללא מזון ומים לאושוויץ לאחר חיסול הגטאות נתגלו כמה יהודים שהסתתרו; מעטים מהם שרדו